Již dříve RSC Energia dospěla k závěru, že před doručením na kosmodrom se objevila díra v kůži kosmické lodi. V tomto ohledu probíhá důkladná kontrola zaměstnanců, kteří měli v té či oné míře přístup k Sojuzu MS-09. Uvádí se, že v této fázi se kontrolují seznamy zaměstnanců, kteří odešli během závěrečného období sestavování lodi a jejího odesílání na startovací rampu Bajkonuru.

Zpracovává se jedna z verzí, podle které se jeden ze zaměstnanců rozhodl pomstít RSC Energia bezprostředně před výpovědí. Jinými slovy, studuje se verze, která souvisí s psychologickými faktory, které by nakonec mohly vést k velkým technickým problémům a tragédii.
V tuto chvíli není přesně hlášeno, kolik zaměstnanců korporace v konečné fázi vytváření Sojuzu a jeho dodání na kosmodrom opustilo.